Sesión 5

Curso: Fundamentos R para Ciencia de Datos en Salud

Percy Soto-Becerra, M.D., M.Sc(c)

DIS – IETSI, EsSalud

2024-04-07

  https://github.com/psotob91

Manejo de datos 2: Categorización de variables

Agenda

  1. Manejo de datos 2: Categorización de variables

  2. AID / AED en R

Creación de variables con case_when()

  • Función de apoyo a mutate()para crear variables según condiciones más complejas.

  • Crea variables de acuerdo a condiciones complejas

case_when(
  condición1 ~ resultado1, 
  condición2 ~ resultado2, 
  condición3 ~ resultado3
  )
  • Toda transformación o creación de variables en dplyr ocurre por mutate; por tanto, case_when()se utiliza dentro de un mutate
datos %>% 
  mutate(
    nueva_var = case_when(
      condición1 ~ resultado1,
      condición2 ~ resultado2, 
      condición3 ~ resultado3
    )
  )
  • Atajo de teclado para obtener ~: Alt + 1 + 2 + 6

Condición no cumplida en case_when()

  • Para indicar que todas las condiciones previas no se cumplen, se debe colocar TRUE:
datos %>% 
  mutate(
    nueva_var = case_when(
      condición1 ~ resultado1,
      condición2 ~ resultado2, 
      condición3 ~ resultado3, 
      TRUE ~ resultado_si_condición_no_se_cumple
    )
  )

  • Es muy importante siempre colocarla al final de cualquier conjunto de condiciones previas.

  • Cuando el resultado de no cumplirse es que se asigne valor perdido, es importante usar la función as.tipo_var() sobre el indicador de dato perdido NA.

    • Si es character: as.character(NA)

    • Si es numeric: as.numeric(NA)

case_when() en acción

  • Se quieren crear categorías de edad: “20-30”, “31-35” y “36-41”
datos_fase1 %>% 
  select(id, age) %>% 
  mutate(agecat = case_when(age >= 20 & age <= 30 ~ "20-30", 
                            age >= 31 & age <= 35 ~ "31-35", 
                            age >= 36 & age <= 41 ~ "36-41", 
                            TRUE ~ as.character(NA))
         ) 
# A tibble: 106 × 3
      id   age agecat
   <dbl> <dbl> <chr> 
 1     1    33 31-35 
 2     1    32 31-35 
 3     2    27 20-30 
 4     2    27 20-30 
 5     3    25 20-30 
 6     3    25 20-30 
 7     4    37 36-41 
 8     4    38 36-41 
 9     5    31 31-35 
10     5    32 31-35 
# ℹ 96 more rows
  • Se desea crear variable indicadora de inclusión en estudio: Solo pacientes sin pareja y que proceden de Callao, Carabayllo, Chorrillos o SJL son elegibles:
datos_fase1 %>% 
  mutate(elegible = case_when(
    married2 == "Without couple" & procedence %in% c("Callao", "Carabayllo", "Chorrillos", "SJL") ~ "Elegible", 
    TRUE ~ "No elegible"
    )
  ) 
# A tibble: 106 × 15
      id time  treat   age race  married married2 procedence weight height    e2
   <dbl> <fct> <fct> <dbl> <chr> <fct>   <fct>    <chr>       <dbl>  <dbl> <dbl>
 1     1 Base… Plac…    33 Mest… Single  Without… Callao       59      1.4  87.3
 2     1 3 mo… Plac…    32 Mest… Single  Without… Callao       59.9    1.3 210. 
 3     2 Base… Dosi…    27 Mest… Single  Without… Santa Ani…   62      1.5 169. 
 4     2 3 mo… Dosi…    27 Mest… Single  Without… Santa Ani…   62.1    1.6  99.9
 5     3 Base… Dosi…    25 Mest… Single  Without… Callao       62      1.6  78.8
 6     3 3 mo… Dosi…    25 Mest… Single  Without… Callao       60      1.6 155. 
 7     4 Base… Dosi…    37 Mest… Divorc… Without… Callao       60.9    1.5  41.0
 8     4 3 mo… Dosi…    38 Mest… Divorc… Without… Callao       61.4    1.5 109. 
 9     5 Base… Plac…    31 Mest… Single  Without… La Molina    64      1.5  43.0
10     5 3 mo… Plac…    32 Mest… Single  Without… La Molina    58.1    1.6  56.0
# ℹ 96 more rows
# ℹ 4 more variables: lh <dbl>, fsh <dbl>, prog <dbl>, elegible <chr>

Recodificar valores de variables con case_match()

  • Recodifica los valores de una variable por otros.

  • Anteriormente se usaba recode(), esta función sigue funcionando pero ha sido superada por case_match() y es la que se recomienda usar.

  • Crea variables de acuerdo a condiciones complejas

case_match(
  variable, 
  valor_antiguo1 ~ valor_nuevo1, 
  c(valor_antiguo2, valor_antiguo3) ~ valor_nuevo2, 
  valor_antiguo3 ~ valor_nuevo3
  )

Recodificar valores de variables con case_match()

  • Toda modificación de variables en dplyr ocurre por mutate; por tanto, case_match()se utiliza dentro de un mutate
datos %>% 
  mutate(
    variable = case_match(
      variable, 
      valor_antiguo1 ~ valor_nuevo1,
      c(valor_antiguo2, valor_antiguo3) ~ valor_nuevo2, 
      valor_antiguo3 ~ valor_nuevo3
    )
  )

case_match() en acción

  • Veamos la variable married2:
datos_fase1 |> 
  select(married2) |> 
  head()
# A tibble: 6 × 1
  married2      
  <fct>         
1 Without couple
2 Without couple
3 Without couple
4 Without couple
5 Without couple
6 Without couple
datos_fase1 %>% 
  mutate(married2 = case_match(married2, 
                           "Without couple" ~ "Sin pareja", 
                           "With couple" ~ "Con pareja"))
# A tibble: 106 × 14
      id time  treat   age race  married married2 procedence weight height    e2
   <dbl> <fct> <fct> <dbl> <chr> <fct>   <chr>    <chr>       <dbl>  <dbl> <dbl>
 1     1 Base… Plac…    33 Mest… Single  Sin par… Callao       59      1.4  87.3
 2     1 3 mo… Plac…    32 Mest… Single  Sin par… Callao       59.9    1.3 210. 
 3     2 Base… Dosi…    27 Mest… Single  Sin par… Santa Ani…   62      1.5 169. 
 4     2 3 mo… Dosi…    27 Mest… Single  Sin par… Santa Ani…   62.1    1.6  99.9
 5     3 Base… Dosi…    25 Mest… Single  Sin par… Callao       62      1.6  78.8
 6     3 3 mo… Dosi…    25 Mest… Single  Sin par… Callao       60      1.6 155. 
 7     4 Base… Dosi…    37 Mest… Divorc… Sin par… Callao       60.9    1.5  41.0
 8     4 3 mo… Dosi…    38 Mest… Divorc… Sin par… Callao       61.4    1.5 109. 
 9     5 Base… Plac…    31 Mest… Single  Sin par… La Molina    64      1.5  43.0
10     5 3 mo… Plac…    32 Mest… Single  Sin par… La Molina    58.1    1.6  56.0
# ℹ 96 more rows
# ℹ 3 more variables: lh <dbl>, fsh <dbl>, prog <dbl>
datos_fase1 |> 
  select(married2) |> 
  head()
# A tibble: 6 × 1
  married2      
  <fct>         
1 Without couple
2 Without couple
3 Without couple
4 Without couple
5 Without couple
6 Without couple
  • Cambiar los valores de married2 del inglés al español:

AID / AED en R

Agenda

  1. Manejo de datos 2: Categorización de variables

  2. AID / AED en R

Paso 1: Resumen global de los datos

  • Dimensiones: columnas y filas

  • Variables y tipos

  • Datos completos y faltantes

  • Variables numéricas: Mínimos, máximos y valores extremos

  • Variables categóricas: Valores o categorías muy poco frecuentes y datos perdidos encubiertos

  • Heche un vistazo de los datos con glimpse():
glimpse(datos)
Rows: 106
Columns: 14
$ id         <dbl> 1, 1, 2, 2, 3, 3, 4, 4, 5, 5, 6, 6, 7, 7, 8, 8, 9, 9, 10, 1…
$ time       <fct> Baseline, 3 months, Baseline, 3 months, Baseline, 3 months,…
$ treat      <fct> Placebo, Placebo, Dosis 2, Dosis 2, Dosis 1, Dosis 1, Dosis…
$ age        <dbl> 33, 32, 27, 27, 25, 25, 37, 38, 31, 32, 38, 38, 26, 26, 34,…
$ race       <chr> "Mestiza", "Mestiza", "Mestiza", "Mestiza", "Mestiza", "Mes…
$ married    <fct> Single, Single, Single, Single, Single, Single, Divorced, D…
$ married2   <fct> Without couple, Without couple, Without couple, Without cou…
$ procedence <chr> "Callao", "Callao", "Santa Anita", "Santa Anita", "Callao",…
$ weight     <dbl> 59.0, 59.9, 62.0, 62.1, 62.0, 60.0, 60.9, 61.4, 64.0, 58.1,…
$ height     <dbl> 1.4, 1.3, 1.5, 1.6, 1.6, 1.6, 1.5, 1.5, 1.5, 1.6, 1.5, 1.5,…
$ e2         <dbl> 87.30, 210.05, 169.01, 99.91, 78.76, 155.04, 40.99, 109.03,…
$ lh         <dbl> 3.28, 26.85, 6.34, 5.77, 11.86, 10.14, 4.57, 7.29, 7.81, 9.…
$ fsh        <dbl> 1.95, 8.83, 4.32, 1.70, 2.81, 4.51, 3.81, 2.39, 2.01, 3.66,…
$ prog       <dbl> 14.20, 12.95, 0.50, 9.61, 10.46, 5.04, 4.64, 11.73, 15.11, …
  • La función skim() del paquete {skimr} genera un resumen global de los datos:
skim(datos)
Data summary
Name datos
Number of rows 106
Number of columns 14
_______________________
Column type frequency:
character 2
factor 4
numeric 8
________________________
Group variables None

Variable type: character

skim_variable n_missing complete_rate min max empty n_unique whitespace
race 0 1 7 7 0 1 0
procedence 0 1 3 17 0 23 0

Variable type: factor

skim_variable n_missing complete_rate ordered n_unique top_counts
time 0 1 FALSE 2 Bas: 53, 3 m: 53
treat 0 1 FALSE 3 Dos: 38, Pla: 34, Dos: 34
married 0 1 FALSE 5 Sin: 50, Mar: 50, Div: 2, Wid: 2
married2 0 1 FALSE 2 Wit: 54, Wit: 52

Variable type: numeric

skim_variable n_missing complete_rate mean sd p0 p25 p50 p75 p100 hist
id 0 1.00 27.00 15.37 1.00 14.00 27.00 40.00 53.00 ▇▇▇▇▇
age 0 1.00 32.77 5.51 20.00 29.00 33.00 37.00 41.00 ▂▅▅▆▇
weight 3 0.97 61.23 8.41 48.50 55.45 59.00 65.00 92.10 ▇▇▂▁▁
height 3 0.97 1.53 0.08 1.30 1.50 1.50 1.60 1.70 ▁▂▇▅▂
e2 0 1.00 108.78 72.67 21.15 58.97 92.43 131.76 403.99 ▇▆▁▁▁
lh 0 1.00 11.23 14.51 1.02 3.47 5.82 12.78 92.89 ▇▁▁▁▁
fsh 0 1.00 4.10 2.81 0.82 2.12 3.66 5.09 21.18 ▇▂▁▁▁
prog 0 1.00 9.04 5.87 0.08 4.60 9.56 11.96 28.46 ▆▇▅▁▁
  • La función describe() del paquete {Hmisc} genera un reporte general bien detallado, variable por variable:
describe(datos)
datos 

 14  Variables      106  Observations
--------------------------------------------------------------------------------
id : ID participant  Format:%9.0g 
       n  missing distinct     Info     Mean      Gmd      .05      .10 
     106        0       53        1       27    17.83     3.25     6.00 
     .25      .50      .75      .90      .95 
   14.00    27.00    40.00    48.00    50.75 

lowest :  1  2  3  4  5, highest: 49 50 51 52 53
--------------------------------------------------------------------------------
time : Time's measurement 
       n  missing distinct 
     106        0        2 
                            
Value      Baseline 3 months
Frequency        53       53
Proportion      0.5      0.5
--------------------------------------------------------------------------------
treat : Treatment's group 
       n  missing distinct 
     106        0        3 
                                  
Value      Placebo Dosis 1 Dosis 2
Frequency       34      34      38
Proportion   0.321   0.321   0.358
--------------------------------------------------------------------------------
age : Age, years  Format:%10.0g 
       n  missing distinct     Info     Mean      Gmd      .05      .10 
     106        0       20    0.996    32.77    6.302    23.00    25.00 
     .25      .50      .75      .90      .95 
   29.00    33.00    37.00    40.00    40.75 
                                                                            
Value         20    22    23    25    26    27    28    29    30    31    32
Frequency      2     2     4     6     2     6     4     2     8     7     4
Proportion 0.019 0.019 0.038 0.057 0.019 0.057 0.038 0.019 0.075 0.066 0.038
                                                                
Value         33    34    35    36    37    38    39    40    41
Frequency      7     4     8     7     8     9     4     6     6
Proportion 0.066 0.038 0.075 0.066 0.075 0.085 0.038 0.057 0.057

For the frequency table, variable is rounded to the nearest 0
--------------------------------------------------------------------------------
race : Race  Format:%9s 
       n  missing distinct    value 
     106        0        1  Mestiza 
                  
Value      Mestiza
Frequency      106
Proportion       1
--------------------------------------------------------------------------------
married : Marital status 
       n  missing distinct 
     106        0        5 
                                                                 
Value          Single   Divorced    Widowed Cohabiting    Married
Frequency          50          2          2          2         50
Proportion      0.472      0.019      0.019      0.019      0.472
--------------------------------------------------------------------------------
married2 : Marital status, recat 
       n  missing distinct 
     106        0        2 
                                        
Value      Without couple    With couple
Frequency              54             52
Proportion          0.509          0.491
--------------------------------------------------------------------------------
procedence : Distrit of procedence  Format:%17s 
       n  missing distinct 
     106        0       23 

lowest : Bre;a             Callao            Carabayllo        Chorrillos        Chosica          
highest: Surco             Surquillo         VES               Villa el Salvador VMT              
--------------------------------------------------------------------------------
weight : Weight, kg  Format:%10.0g 
       n  missing distinct     Info     Mean      Gmd      .05      .10 
     103        3       63    0.999    61.23    9.014    51.00    52.28 
     .25      .50      .75      .90      .95 
   55.45    59.00    65.00    72.08    75.85 

lowest : 48.5 49   50.1 50.5 51  , highest: 78.1 81   81.5 91.9 92.1
--------------------------------------------------------------------------------
height : Height, m  Format:%10.0g 
       n  missing distinct     Info     Mean      Gmd 
     103        3        5    0.849    1.533  0.08894 
                                        
Value        1.3   1.4   1.5   1.6   1.7
Frequency      1    12    52    28    10
Proportion 0.010 0.117 0.505 0.272 0.097

For the frequency table, variable is rounded to the nearest 0
--------------------------------------------------------------------------------
e2 : Estradiol  Format:%10.0g 
       n  missing distinct     Info     Mean      Gmd      .05      .10 
     106        0      105        1    108.8    73.31    30.04    40.72 
     .25      .50      .75      .90      .95 
   58.97    92.43   131.76   181.99   250.77 

lowest : 21.15  21.4   26.21  27.29  28.87 , highest: 267.99 289    366.07 386.97 403.99
--------------------------------------------------------------------------------
lh : Luteinizant Hormon  Format:%10.0g 
       n  missing distinct     Info     Mean      Gmd      .05      .10 
     106        0      104        1    11.23    12.15    1.820    2.405 
     .25      .50      .75      .90      .95 
   3.473    5.820   12.783   25.885   43.492 

lowest : 1.02  1.17  1.46  1.57  1.58 , highest: 49.16 49.33 60.2  61.44 92.89
--------------------------------------------------------------------------------
fsh : Folicullo stimulant hormon  Format:%10.0g 
       n  missing distinct     Info     Mean      Gmd      .05      .10 
     106        0       98        1    4.103    2.617    1.570    1.720 
     .25      .50      .75      .90      .95 
   2.125    3.665    5.092    6.575    8.890 

lowest : 0.82  1.26  1.28  1.53  1.55 , highest: 9.13  9.95  12.07 14.23 21.18
--------------------------------------------------------------------------------
prog : Progesterone  Format:%10.0g 
       n  missing distinct     Info     Mean      Gmd      .05      .10 
     106        0      101        1    9.036    6.536   0.4325   0.8000 
     .25      .50      .75      .90      .95 
  4.5950   9.5600  11.9650  15.7000  20.6450 

lowest : 0.08  0.14  0.2   0.22  0.26 , highest: 21.48 21.53 21.89 23.29 28.46
--------------------------------------------------------------------------------

Paso 2: Detecte y maneje duplicados

  • La función get_dupes() del paquete {janitor} es útil para esto.

  • Si solo colocamos get_dupes(), entonces nos identifica duplicados de fila completa:

library(janitor)
datos %>% 
  get_dupes()
 [1] id_jaula     id_raton     tratamiento  protocolo    peso_inicial
 [6] peso_final   peso_utero   chol         glucose      tag         
[11] prot         urea         album        dupe_count  
<0 rows> (or 0-length row.names)

  • Si colocamos una o más variables dentro de get_dupes(), entonces nos identifica duplicados solo de esa variable.

  • A menudo lo hacemos para encontrar individus duplicados.

datos %>% 
  get_dupes(id_raton)
 [1] id_raton     dupe_count   id_jaula     tratamiento  protocolo   
 [6] peso_inicial peso_final   peso_utero   chol         glucose     
[11] tag          prot         urea         album       
<0 rows> (or 0-length row.names)

  • Si el duplicado es erróneo, lo podemos eliminar con distinct() y el argumento .keep_all = TRUE.

  • Se debde espeficiar si el duplicado es de fila o de alguna variable (p. ej., id).

datos <- datos %>% 
  distinct(id_raton, .keep_all = TRUE)

datos
   id_jaula id_raton               tratamiento protocolo peso_inicial
1         1        1                   control       ovx        26.00
2         1        2                   control       ovx        24.50
3         1        3                   control       ovx        20.40
4         2        4                   control   hemiovx        26.59
5         2        5                   control       ovx        23.50
6         2        6                      maca       ovx        25.00
7         2        7                      maca       ovx        24.80
8         3        8                      maca       ovx        23.20
9         3        9                      maca   hemiovx        22.69
10        3       10                      maca       ovx        23.90
11        5       11             maca + critro       ovx        21.90
12        5       12             maca + critro       ovx        23.40
13        5       13             maca + critro       ovx        21.90
14        5       14             maca + critro       ovx        22.40
15        8       15 triple dosis maca + citro       ovx        18.90
16        8       16 triple dosis maca + citro       ovx        23.50
17        9       17 triple dosis maca + citro       ovx        24.50
18        9       18 triple dosis maca + citro       ovx        25.30
19        9       19 triple dosis maca + citro       ovx        27.90
20        9       20             sham operated    no ovx        25.50
21       10       21             sham operated    no ovx        23.40
22       10       22             sham operated    no ovx        22.50
23       10       23             sham operated    no ovx        22.90
   peso_final peso_utero    chol glucose    tag prot   urea album
1       33.28      0.089  85.990  109.97 182.42 5.37  66.27 66.82
2       30.50      0.063  94.460   81.62 211.87 4.68  76.73 55.36
3       29.93      0.078  99.670  118.37 195.16   NA  52.32    NA
4       32.19      0.134  83.380   71.91  98.46   NA  50.71    NA
5       30.37      0.052  82.080   95.53 108.13 5.33  26.02    NA
6       30.43      0.055 107.490  160.36 141.10   NA     NA 72.14
7       28.77      0.064  76.870  195.53  95.82 5.02  40.78 67.09
8       27.30      0.062  95.760  182.41 105.49 6.12  66.94 70.64
9       26.86      0.070  85.340  184.51  90.99   NA     NA 66.27
10      29.10      0.113  82.080  168.50 143.30 4.85  34.48 83.73
11      24.93      0.108  80.781  113.38 128.35   NA     NA    NA
12      26.70      0.022  88.590  102.62 282.64   NA     NA    NA
13      28.67      0.014 104.880   60.10 200.00 5.33  37.96    NA
14      28.37      0.046  70.350  150.13 199.12 4.93  45.61 64.64
15      23.80      0.057  78.170  110.50 114.73 4.78  38.23 52.77
16      26.70      0.065  85.340  144.88 134.51 5.15  43.06 59.59
17      28.77      0.016  64.400  138.85 160.44   NA     NA    NA
18      29.20      0.068  67.100  140.68 127.03   NA     NA    NA
19      29.48      0.076  65.790  114.70 169.67 6.17     NA    NA
20      30.27      0.088  74.260   94.23 185.05 4.93     NA 68.59
21      27.90      0.535  59.280  126.77 244.84   NA  60.37    NA
22      26.68      0.081  68.400   78.22  93.19   NA 157.89    NA
23      27.43      0.176  84.690  125.20 108.13   NA     NA    NA

  • ¿Qué pasa si no se sabe si el duplicado es erróneo?

    • Podemos tener dos o más filas con duplicados y no saber cuál es el correcto.

    • En estos casos, el problema es complejo. Una solución puede ser la deduplicación probabilística.

Paso 3: Identifique datos faltantes

  • Evalúe número y porcentaje de datos perdidos así como el patrón de estos.

  • Hay varios paquetes que permiten manejar datos perdidos:

    • {VIM}
    • {visdat}
    • {naniar}
    • {otros}

  • Usaremos algunas funciones de {visdat}, {VIM}y {naniar}.

  • {visdat}y {nanair}generan gráficos {ggplot2}, mientras que {VIM} no lo hace.

Paso 3: Identifique datos faltantes (cont.)

  • Nuevamente skim() nos permite conocer, rápidamente, el número de datos perdidos.
skim(datos)
Data summary
Name datos
Number of rows 23
Number of columns 13
_______________________
Column type frequency:
character 2
numeric 11
________________________
Group variables None

Variable type: character

skim_variable n_missing complete_rate min max empty n_unique whitespace
tratamiento 0 1 4 25 0 5 0
protocolo 0 1 3 7 0 3 0

Variable type: numeric

skim_variable n_missing complete_rate mean sd p0 p25 p50 p75 p100 hist
id_jaula 0 1.00 5.30 3.38 1.00 2.00 5.00 9.00 10.00 ▇▃▅▂▇
id_raton 0 1.00 12.00 6.78 1.00 6.50 12.00 17.50 23.00 ▇▆▇▆▇
peso_inicial 0 1.00 23.68 1.99 18.90 22.59 23.50 24.90 27.90 ▂▃▇▇▂
peso_final 0 1.00 28.59 2.18 23.80 27.08 28.77 30.10 33.28 ▂▆▇▅▂
peso_utero 0 1.00 0.09 0.10 0.01 0.06 0.07 0.09 0.54 ▇▁▁▁▁
chol 0 1.00 81.96 12.89 59.28 72.31 82.08 87.29 107.49 ▅▃▇▃▃
glucose 0 1.00 124.74 37.27 60.10 99.08 118.37 147.50 195.53 ▅▇▇▃▅
tag 0 1.00 153.06 52.36 90.99 108.13 141.10 190.11 282.64 ▇▃▅▁▂
prot 11 0.52 5.22 0.49 4.68 4.91 5.08 5.34 6.17 ▇▃▅▁▃
urea 9 0.61 56.95 32.34 26.02 38.87 48.16 64.80 157.89 ▇▃▁▁▁
album 12 0.48 66.15 8.44 52.77 62.12 66.82 69.62 83.73 ▃▃▇▂▂
  • El paquete {visdat} te permite visualizar el tipo de dato y si hay o no presencia de datos perdidos
library(visdat)
datos %>% 
  vis_dat()

  • Es importante verificar si el tipo de dato corresponde con la naturaleza de la variable de estudio.

  • Algunos datos faltantes pueden no verse por no configurar apropiadamente el tipo de la variable.

  • Podemos también generar gráficos para identificar los datos perdidos y sus combinaciones:
datos %>% 
  vis_miss()

  • Se aprecia que la variable prot tiene 47.83% de sus datos faltantes. La variable urea tiene 39.13% de sus datos faltantes.

  • La legenda que dice Missing (10.7%) indica que el total de datos faltantes en las celdas (no en las filas) es de 10.7%.

  • ¿Cuántos datos faltantes en por fila tendremos? ¿Qué combinaciones de datos faltantes tendremos?

Paso 3: Identifique datos faltantes (cont.)

  • El paquete {VIM} permite identificar datos perdidos por variable y sus combinaciones.

  • Podemos visualizar los resultados directamente con la función aggr():

library(VIM)
datos %>% 
  aggr(numbers = TRUE)

  • También podemos usar la función gg_miss_upset del paquete {naniar} para evaluar las combinaciones de datos perdidos:
library(naniar)
datos %>% 
  gg_miss_upset()

  • Lo primero que uno debe tratar de hacer es recuperar los datos faltantes.

    • Volver a revisar documentos fuentes.

    • Recontactar sujetos, etc.

  • Podemos identificar a los individuos con datos faltantes en la variable urea usando filter():

datos %>% 
  select(id_jaula, id_raton, urea) %>% 
  filter(is.na(urea))
  id_jaula id_raton urea
1        2        6   NA
2        3        9   NA
3        5       11   NA
4        5       12   NA
5        9       17   NA
6        9       18   NA
7        9       19   NA
8        9       20   NA
9       10       23   NA

  • Si se recupera la información, uno puede remplazar los valores usando código en R.

  • La función replace()del paquete {dplyr} es útil para esto. Supongamos que el dato perdido para el ratón 6 es de 65.2, podemos rempalzar el dato usando replace()

datos %>% 
  select(id_jaula, id_raton, urea) %>% 
  mutate(
    urea = replace(urea, id_raton == 6, 65.2)
  )
   id_jaula id_raton   urea
1         1        1  66.27
2         1        2  76.73
3         1        3  52.32
4         2        4  50.71
5         2        5  26.02
6         2        6  65.20
7         2        7  40.78
8         3        8  66.94
9         3        9     NA
10        3       10  34.48
11        5       11     NA
12        5       12     NA
13        5       13  37.96
14        5       14  45.61
15        8       15  38.23
16        8       16  43.06
17        9       17     NA
18        9       18     NA
19        9       19     NA
20        9       20     NA
21       10       21  60.37
22       10       22 157.89
23       10       23     NA

  • Los datos perdidos a veces se guardan por defecto con algunos caracteres especiales.

  • Pueden ser problemáticas si se guardan con categorías como: -99, 8888, “No aplica”, “No sabe”, etc.

  • Una función muy útil para lidiar con estos datos y convertirlos en NA es la función replace_na()del paquete {tidyr}

library(tidyr)
datos_perdidos_comun
   edad diabetes
1    45       Sí
2    23       Sí
3    34       No
4    29      N/A
5  -999       No
6    23       Sí
7    34       No
8    57      N/A
9    88      N/A
10 -999      N/A
11 -999       Sí
  • Podemos convertir directamente todos estos valores por default a datos perdidos:
datos_perdidos_comun %>% 
  mutate(edad = na_if(edad, -999), 
         diabetes = na_if(diabetes, "N/A")) -> datos_perdidos_limpia

datos_perdidos_limpia
   edad diabetes
1    45       Sí
2    23       Sí
3    34       No
4    29     <NA>
5    NA       No
6    23       Sí
7    34       No
8    57     <NA>
9    88     <NA>
10   NA     <NA>
11   NA       Sí

Paso 4: Identifique valores extremos no plausibles

  • Revise, variable por variable valores extremos no plausibles o plausibles, pero sospechosamente extremos. El valor mínimo es p0 y el valor máximo es p100. Deben ser plausibles.
skim(datos)
Data summary
Name datos
Number of rows 23
Number of columns 13
_______________________
Column type frequency:
character 2
numeric 11
________________________
Group variables None

Variable type: character

skim_variable n_missing complete_rate min max empty n_unique whitespace
tratamiento 0 1 4 25 0 5 0
protocolo 0 1 3 7 0 3 0

Variable type: numeric

skim_variable n_missing complete_rate mean sd p0 p25 p50 p75 p100 hist
id_jaula 0 1.00 5.30 3.38 1.00 2.00 5.00 9.00 10.00 ▇▃▅▂▇
id_raton 0 1.00 12.00 6.78 1.00 6.50 12.00 17.50 23.00 ▇▆▇▆▇
peso_inicial 0 1.00 23.68 1.99 18.90 22.59 23.50 24.90 27.90 ▂▃▇▇▂
peso_final 0 1.00 28.59 2.18 23.80 27.08 28.77 30.10 33.28 ▂▆▇▅▂
peso_utero 0 1.00 0.09 0.10 0.01 0.06 0.07 0.09 0.54 ▇▁▁▁▁
chol 0 1.00 81.96 12.89 59.28 72.31 82.08 87.29 107.49 ▅▃▇▃▃
glucose 0 1.00 124.74 37.27 60.10 99.08 118.37 147.50 195.53 ▅▇▇▃▅
tag 0 1.00 153.06 52.36 90.99 108.13 141.10 190.11 282.64 ▇▃▅▁▂
prot 11 0.52 5.22 0.49 4.68 4.91 5.08 5.34 6.17 ▇▃▅▁▃
urea 9 0.61 56.95 32.34 26.02 38.87 48.16 64.80 157.89 ▇▃▁▁▁
album 12 0.48 66.15 8.44 52.77 62.12 66.82 69.62 83.73 ▃▃▇▂▂
  • Permite hacer algo similar
describe(datos)
datos 

 13  Variables      23  Observations
--------------------------------------------------------------------------------
id_jaula 
       n  missing distinct     Info     Mean      Gmd 
      23        0        7    0.979    5.304    3.881 
                                                    
Value          1     2     3     5     8     9    10
Frequency      3     4     3     4     2     4     3
Proportion 0.130 0.174 0.130 0.174 0.087 0.174 0.130

For the frequency table, variable is rounded to the nearest 0
--------------------------------------------------------------------------------
id_raton 
       n  missing distinct     Info     Mean      Gmd      .05      .10 
      23        0       23        1       12        8      2.1      3.2 
     .25      .50      .75      .90      .95 
     6.5     12.0     17.5     20.8     21.9 

lowest :  1  2  3  4  5, highest: 19 20 21 22 23
--------------------------------------------------------------------------------
tratamiento 
       n  missing distinct 
      23        0        5 

control (5, 0.217), maca (5, 0.217), maca + critro (4, 0.174), sham operated
(4, 0.174), triple dosis maca + citro (5, 0.217)
--------------------------------------------------------------------------------
protocolo 
       n  missing distinct 
      23        0        3 
                                  
Value      hemiovx  no ovx     ovx
Frequency        2       4      17
Proportion   0.087   0.174   0.739
--------------------------------------------------------------------------------
peso_inicial 
       n  missing distinct     Info     Mean      Gmd      .05      .10 
      23        0       19    0.998    23.68    2.244    20.55    21.90 
     .25      .50      .75      .90      .95 
   22.59    23.50    24.90    25.90    26.53 
                                                                            
Value      18.90 20.40 21.90 22.40 22.50 22.69 22.90 23.20 23.40 23.50 23.90
Frequency      1     1     2     1     1     1     1     1     2     2     1
Proportion 0.043 0.043 0.087 0.043 0.043 0.043 0.043 0.043 0.087 0.087 0.043
                                                          
Value      24.50 24.80 25.00 25.30 25.50 26.00 26.59 27.90
Frequency      2     1     1     1     1     1     1     1
Proportion 0.087 0.043 0.043 0.043 0.043 0.043 0.043 0.043

For the frequency table, variable is rounded to the nearest 0
--------------------------------------------------------------------------------
peso_final 
       n  missing distinct     Info     Mean      Gmd      .05      .10 
      23        0       21    0.999    28.59    2.483    25.11    26.68 
     .25      .50      .75      .90      .95 
   27.08    28.77    30.10    30.49    32.02 

lowest : 23.8  24.93 26.68 26.7  26.86, highest: 30.37 30.43 30.5  32.19 33.28
--------------------------------------------------------------------------------
peso_utero 
       n  missing distinct     Info     Mean      Gmd      .05      .10 
      23        0       23        1   0.0927  0.07728   0.0166   0.0268 
     .25      .50      .75      .90      .95 
  0.0560   0.0680   0.0885   0.1298   0.1718 

lowest : 0.014 0.016 0.022 0.046 0.052, highest: 0.108 0.113 0.134 0.176 0.535
--------------------------------------------------------------------------------
chol 
       n  missing distinct     Info     Mean      Gmd      .05      .10 
      23        0       21    0.999    81.96     14.9    64.54    66.05 
     .25      .50      .75      .90      .95 
   72.31    82.08    87.29    98.89   104.36 

lowest : 59.28  64.4   65.79  67.1   68.4  , highest: 94.46  95.76  99.67  104.88 107.49
--------------------------------------------------------------------------------
glucose 
       n  missing distinct     Info     Mean      Gmd      .05      .10 
      23        0       23        1    124.7    43.44    72.54    78.90 
     .25      .50      .75      .90      .95 
   99.08   118.37   147.50   179.63   184.30 

lowest : 60.1   71.91  78.22  81.62  94.23 , highest: 160.36 168.5  182.41 184.51 195.53
--------------------------------------------------------------------------------
tag 
       n  missing distinct     Info     Mean      Gmd      .05      .10 
      23        0       22        1    153.1    59.41    93.45    96.35 
     .25      .50      .75      .90      .95 
  108.13   141.10   190.11   209.50   241.54 

lowest : 90.99  93.19  95.82  98.46  105.49, highest: 199.12 200    211.87 244.84 282.64
--------------------------------------------------------------------------------
prot 
       n  missing distinct     Info     Mean      Gmd      .05      .10 
      12       11       10    0.993    5.222   0.5367    4.735    4.787 
     .25      .50      .75      .90      .95 
   4.910    5.085    5.340    6.045    6.143 
                                                                      
Value       4.68  4.78  4.85  4.93  5.02  5.15  5.33  5.37  6.12  6.17
Frequency      1     1     1     2     1     1     2     1     1     1
Proportion 0.083 0.083 0.083 0.167 0.083 0.083 0.167 0.083 0.083 0.083

For the frequency table, variable is rounded to the nearest 0
--------------------------------------------------------------------------------
urea 
       n  missing distinct     Info     Mean      Gmd      .05      .10 
      14        9       14        1    56.95    30.41    31.52    35.52 
     .25      .50      .75      .90      .95 
   38.87    48.16    64.80    73.79   105.14 
                                                                         
Value       26.02  34.48  37.96  38.23  40.78  43.06  45.61  50.71  52.32
Frequency       1      1      1      1      1      1      1      1      1
Proportion  0.071  0.071  0.071  0.071  0.071  0.071  0.071  0.071  0.071
                                             
Value       60.37  66.27  66.94  76.73 157.89
Frequency       1      1      1      1      1
Proportion  0.071  0.071  0.071  0.071  0.071

For the frequency table, variable is rounded to the nearest 0
--------------------------------------------------------------------------------
album 
       n  missing distinct     Info     Mean      Gmd      .05      .10 
      11       12       11        1    66.15    9.592    54.06    55.36 
     .25      .50      .75      .90      .95 
   62.12    66.82    69.62    72.14    77.94 
                                                                            
Value      52.77 55.36 59.59 64.64 66.27 66.82 67.09 68.59 70.64 72.14 83.73
Frequency      1     1     1     1     1     1     1     1     1     1     1
Proportion 0.091 0.091 0.091 0.091 0.091 0.091 0.091 0.091 0.091 0.091 0.091

For the frequency table, variable is rounded to the nearest 0
--------------------------------------------------------------------------------

  • El gráfico de cajas nos muestra la disrtibución de la variable numérica en termino de sus cuantiles.

  • Los puntos aislados, fuera de las cajas y bigotes, son considerados valores extremos.

  • Estos pueden ser plausibles o no plausibles.

  • El gráfico de cajas permite identificar, rápidamente, valores extremos potencialmente no plausibles o problemáticos.

datos |> 
  ggplot(aes(y = peso_final)) + 
  geom_boxplot()

datos |> 
  ggplot(aes(y = peso_utero)) + 
  geom_boxplot()

  • Los datos extremos pueden ser valores anómalos válidos.

  • En ocasiones, son valores no plausibles, inválidos, producto del mal recojo de información.

  • Cuando se tenga valores extremos no plausibles se puede optar por dos acciones:

      1. Corregir el valor extremo no plausible por datos que sí sean plausibles.
      1. Si no se puede, convertir los valores extremos no plausibles en datos faltantes (veremos esto).
      1. Bonus: A veces puede ser mejor recortar los datos y quedarse con el 1% y 99% percentil más bajo y alto, respectivamente.

Paso 4: Identifique valores extremos no plausibles

  • Se puede usar la función: na_if() del paquete {dplyr}.

  • Veamos una base de datos juguete con datos de peso (kg) y hemoglobina (mg/dL) de pacientes en un estudio:

    • El peso de 1450 es un valor extremo no plausible. Igualmente, los valores de hemoglobina 213, 3124 y -4 son valores extremos no plausibles.

    • Lo primero que debemos hacer es recuperar es tratar de recuperar estos valores.

    • Supongamos que podemos recuperar los valores: 1450 en realidad es 45 kg; 213, 3124 y -4 son 11.3, 10.44 y 9.2 mg/dL.

  • Podemos usar la función recode para corregir los valores de peso:

datos_extremo %>% 
  mutate(peso = recode(peso, `1450` = 45))
  peso   hb
1   56   12
2   34   11
3   23  213
4   78   10
5   46 3124
6   45   -4
  • También podemos corregir de varias variables simultáneamente:
datos_extremo %>% 
  mutate(
    peso = recode(peso, `1450` = 45), 
    hb = recode(hb, `213` = 11.3, `3124` = 10.44, `-4` = 9.2)
    ) -> datos_extremo_recodif

datos_extremo_recodif
  peso    hb
1   56 12.00
2   34 11.00
3   23 11.30
4   78 10.00
5   46 10.44
6   45  9.20
  • Si no podemos recuperar los datos correctos, la otra opción es convertir los valores extremos en datos faltantes:
datos_extremo %>% 
  mutate(
    peso = na_if(peso, 1450)
  )
  peso   hb
1   56   12
2   34   11
3   23  213
4   78   10
5   46 3124
6   NA   -4
  • Podemos hacerlo de manera simultánea para varias variables
datos_extremo %>% 
  mutate(
    peso = na_if(peso, 1450), 
    hb = na_if(hb, 213), 
    hb = na_if(hb, 3124), 
    hb = na_if(hb, -4)
  )
  peso hb
1   56 12
2   34 11
3   23 NA
4   78 10
5   46 NA
6   NA NA
  • O usando replace() y una condición lógica:
datos_extremo %>% 
  mutate(
    peso = na_if(peso, 1450), 
    hb = replace(hb, hb > 100 | hb < 0, NA)
  ) -> datos_extremo_recomiss

datos_extremo_recomiss
  peso hb
1   56 12
2   34 11
3   23 NA
4   78 10
5   46 NA
6   NA NA

Paso 5: Detecte y corrija inconsistencias mediante consultas (queries) de interés

Muestre el peso inicial mínimo, máximo y promedio del grupo control:

datos %>% 
  filter(tratamiento == "control") %>% 
  summarise(
    minimo_peso = min(peso_inicial), 
    maximo_peso = max(peso_inicial), 
    promedio_peso = mean(peso_inicial)
  )
  minimo_peso maximo_peso promedio_peso
1        20.4       26.59        24.198

Muestre los pesos inicial máximos, mínimo y promedio según grupo de tratamiento. También muestre el número de ratones por grupo:

datos %>% 
  group_by(tratamiento) %>% 
  summarise(
    minimo_peso = min(peso_inicial), 
    maximo_peso = max(peso_inicial), 
    promedio_peso = mean(peso_inicial), 
    n_ratones = n()
  )
# A tibble: 5 × 5
  tratamiento               minimo_peso maximo_peso promedio_peso n_ratones
  <chr>                           <dbl>       <dbl>         <dbl>     <int>
1 control                          20.4        26.6          24.2         5
2 maca                             22.7        25            23.9         5
3 maca + critro                    21.9        23.4          22.4         4
4 sham operated                    22.5        25.5          23.6         4
5 triple dosis maca + citro        18.9        27.9          24.0         5

Muestre los id_jaula con el número de ratones por jaula

datos %>% 
  group_by(id_jaula) %>% 
  summarise(n_ratones_por_jaula = n())
# A tibble: 7 × 2
  id_jaula n_ratones_por_jaula
     <int>               <int>
1        1                   3
2        2                   4
3        3                   3
4        5                   4
5        8                   2
6        9                   4
7       10                   3

Identifique los ID de los ratones del grupo control con una razón glucosa / colesterol > 1

datos %>% 
  filter(tratamiento == "control" & glucose / chol > 1)
  id_jaula id_raton tratamiento protocolo peso_inicial peso_final peso_utero
1        1        1     control       ovx         26.0      33.28      0.089
2        1        3     control       ovx         20.4      29.93      0.078
3        2        5     control       ovx         23.5      30.37      0.052
   chol glucose    tag prot  urea album
1 85.99  109.97 182.42 5.37 66.27 66.82
2 99.67  118.37 195.16   NA 52.32    NA
3 82.08   95.53 108.13 5.33 26.02    NA

Otra forma de hacerlo, es crear primerio la razón glucose / chol y filtrar:

datos %>% 
  mutate(ratio_gluc_chol = glucose / chol) %>% 
  filter(tratamiento == "control" & ratio_gluc_chol > 1)
  id_jaula id_raton tratamiento protocolo peso_inicial peso_final peso_utero
1        1        1     control       ovx         26.0      33.28      0.089
2        1        3     control       ovx         20.4      29.93      0.078
3        2        5     control       ovx         23.5      30.37      0.052
   chol glucose    tag prot  urea album ratio_gluc_chol
1 85.99  109.97 182.42 5.37 66.27 66.82        1.278870
2 99.67  118.37 195.16   NA 52.32    NA        1.187619
3 82.08   95.53 108.13 5.33 26.02    NA        1.163865

Hagamos una pausa

Tomemos un descanso de 5 minutos…

Estire las piernas …

Deje de ver las pantallas …

… cualquier , las del celular también.

05:00

¡Gracias!
¿Preguntas?




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Fundamentos R para Ciencia de Datos en Salud - Sesión 3